Dispunerea în Muzeul Botanic a materialului, care este conservat fie pe cale uscată (prin presare sau tridimensional sau sub formă de mulaje), fie pe cale umedă (în diverse lichide conservante), se face urmărind criteriile: sistematic, ecologic şi economic.
Prezentarea lumii plantelor în muzeu este întregită de turnantele şi tablourile ce reprezintă aspecte fitosociologice şi de ocrotire a naturii: de zonare şi etajare a vegetaţiei României, principalele rezervaţii botanice din ţară şi plantele pe care acestea le adăpostesc, plante endemice şi ocrotite din România.
Sunt expuse şi tablouri reprezentând aspecte fitogeografice, cu formaţiuni vegetale de pe Glob, cum ar fi tufărişurile xerofile mediteraneene (scrub, tomillares, frigana, garriga, machia), tablouri cu conifere europene, asiatice sau americane.