Egyetemtörténeti Múzeum
A Babeș–Bolyai Tudományegyetem Rektori Hivatalának kezdeményezésére 2001 áprilisában megalapított Egyetemtörténeti Múzeum a kolozsvári egyetemi oktatás évszázados gazdag történetét, a különböző karok tanárainak és hallgatóinak tevékenységét, de leginkább az erdélyi értelmiség egyetemes kultúrában és tudományosságban elfoglalt helyét kívánja megismertetni az érdeklődőkkel. A múzeum 2002 januárjától kibővített, gazdagított anyaggal működik. Az Egyetemtörténeti Múzeum révén minden leendő egyetemi hallgató összefoglaló és transzdiszciplináris ízelítőt kaphat a kolozsvári akadémiai életből, valamint betekintést nyerhet az egyetemi hagyományokba és Erdély multikulturális történetébe 1581-től napjainkig. Érdemes megtekinteni mindazoknak, akik egyetemi éveiket Kolozsváron töltötték vagy jelenleg is itt tanulnak.
Ásványtani Múzeum
A Babeş–Bolyai Tudományegyetem Ásványtani Múzeuma változatos ásványianyag-gyűjteménnyel rendelkezik és gazdag tudományos múltja van. Akadémiai gyűjteményként 1919-ben jött létre a Ferenc József Tudományegyetemen működött Ásványtani Intézet anyagának részleges átvételével. Utólag ezeket átszervezték, folyamatosan bővítették adományok, cserék, vásárlások, valamint a geológia szakos tanárok és hallgatók gyűjtései révén. Az Ásványtani Múzeum a Biológia és Geológia Kar irányítása alatt működik, és jelen pillanatban hozzávetőlegesen 16.500 mintát tartalmaz (ezek közül körülbelül 12.500 ásvány, több mint 3.700 feldolgozott drágakő, és 200-nál több meteorit). A látogatók százmillió éves ásványok százait, ezreit csodálhatják meg itt, amelyek a Föld gyomrában alakultak ki.
Növénytani Múzeum
A Növénytani Intézet földszintjén található Növénytani Múzeum anyaga az Erdélyi Múzeum-Egyesület 1859-ben alapított botanikai gyűjteményén alapszik. A múzeum épületét 1935-ben adták át. Jelenleg mintegy 6910 darab kiállított tárgyával a Növénytani Múzeum lehetővé teszi látogatói számára a növényvilág gazdagságára, fejlődésére és fontosságára vonatkozó ismereteik kiegészítését.
Őslénytani és Rétegtani Múzeum
A kolozsvári Őslénytani és Rétegtani Múzeum a Babeş–Bolyai Tudományegyetem Biológia és Geológia Karának Földtani Intézete keretében működik. A múzeum gazdag tudományos múlttal rendelkezik. Oktatási és kutatási céllal hozták létre, de minden olyan érdeklődő rendelkezésére áll, aki a Földön található életformák kialakulásáról, illetve e fejlődési folyamat fontosabb állomásairól szeretne többet megtudni.
Állattani Múzeum
Az Erdélyi Múzeum-Egyesület egyik részlegeként 1859-ben létrehozott Állattani Múzeum gyűjteménye fokozatosan gazdagodott. A múzeum patrimóniuma évről évre gazdagodott, így mára az ország egyik legnagyobb állattani múzeumává nőtte ki magát. Ily módon a csupán 700 négyzetméternyi területen a látogatóknak lehetőségük nyílik megtekinteni a romániai állatvilág fajainak jelentős hányadát, illetve számtalan egyéb állatfajt a világ különböző pontjairól. Az Állattani Múzeum annak az épületnek földszintjén található, amely a Biológia Karnak, a kari könyvtárnak, a Barlangászati Intézetnek, az Egyetem Filmesítési Központjának, valamint az Elektronikus Mikroszkóp-intézetének is otthont ad.
Vivárium
A Vivárium 1998 és 2001 között épült a Babeş–Bolyai Tudományegyetem, valamint a Biológia és Geológia Kar támogatásával. A 2001-ben megnyílt Vivárium élő állatok állandó gyűjteményét tárja a látogatók elé. Az itt elő fajokat a saját természetes környezetükhöz hasonló körülmények között tartják és gondozzák.
A Virtuális Múzeum és az Észak-erdélyi Holokauszt Dokumentációs Múzeuma
A Virtuális Múzeum és az Észak-erdélyi Holokauszt Dokumentációs Múzeuma a holokausztkutatás terjedelmes témaköréből egyetlen részletet helyez előtérbe, mégpedig az erdélyi zsidóknak a második világháború idején történt deportálásáról és kiirtásáról szóló történetét.