A regionális gyűjtemények értékesek és változatosak. Ezen belül az Erdélyi-medencéből származó rétegtani gyűjtemény egyedülálló Romániában. A teremben való elhelyezése révén a minták a medence alakját kívánják reprodukálni: a Keleti-Kárpátokból és Nyugati Szigethegységből származó földtörténeti mezozoikumi állatvilág a széleken, a kainozoikumi üledékek pedig a terem közepén láthatók. A kiállított tárgyakat regionális, rétegszerű és taxonómiai szempontok szerint rendszerezték, és puhatestűeket, echinoideákat (tengeri sün), gerinceseket és növényi ősmaradványokat tartalmaznak az Erdélyi-medence paleogén és neogén állományaiból. Gerincesek és gerinctelenek is részét képezik a gyűjteménynek, valamint megtekinthető egy fontos ősnövénytani gyűjtemény is.
- Egyetemtörténeti Múzeum
- Ásványtani Múzeum
- Ásványtani Múzeum / Drágakőgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Elsőként Romániában felfedezett ásványok gyűjteménye
- Ásványtani Múzeum / Erdélyi-középhegységből származó zeolitok
- Ásványtani Múzeum / Ikerkristály-gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Kristálytani kiállítás
- Ásványtani Múzeum / Meteoritgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Regionális ásványgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Rendszertani gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Romániai barlangokból származó ásványok gyűjteménye
- Ásványtani Múzeum / Romániai drágakőgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Termésarany gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Tudományos vizsgálati eszközök
- Növénytani Múzeum
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Erdélyi-medencére vonatkozó rétegtani gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Nyílt-színi gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Típusgyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Általános rétegtani gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Őslénytani taxonómiai gyűjtemény
- Állattani Múzeum
- Vivárium
- David Prodan Emlékmúzeum
- Észak-erdélyi Holokauszt Dokumentációs Múzeuma