Az általános rétegtani gyűjtemény több, rétegtani jelentőségű, hazai és európai fosszília-gyűjteményt tartalmaz. A kiállítási tárgyakat időrendi sorrendben lehet megtekinteni, a kambriumtól a pleisztocénig. Az európai általános rétegtani gyűjtemény részét képezik a Franciaország területéről (Párizsi-medence), Észak-Olaszországból (Liguria-Piemonte medence), Ausztriából (Bécsi-medence) és Magyarországról (Közép-Duna-medence) származó harmadkori puhatestűek.
- Egyetemtörténeti Múzeum
- Ásványtani Múzeum
- Ásványtani Múzeum / Drágakőgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Elsőként Romániában felfedezett ásványok gyűjteménye
- Ásványtani Múzeum / Erdélyi-középhegységből származó zeolitok
- Ásványtani Múzeum / Ikerkristály-gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Kristálytani kiállítás
- Ásványtani Múzeum / Meteoritgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Regionális ásványgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Rendszertani gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Romániai barlangokból származó ásványok gyűjteménye
- Ásványtani Múzeum / Romániai drágakőgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Termésarany gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Tudományos vizsgálati eszközök
- Növénytani Múzeum
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Erdélyi-medencére vonatkozó rétegtani gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Nyílt-színi gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Típusgyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Általános rétegtani gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Őslénytani taxonómiai gyűjtemény
- Állattani Múzeum
- Vivárium
- David Prodan Emlékmúzeum
- Észak-erdélyi Holokauszt Dokumentációs Múzeuma