Az ország legrégebbi lepkegyűjteménye, az első katalógust 1850-ben jelentették meg. A gyűjtemény 951 fajt, és összesen 1604 példány tartalmaz 17 rovartani dobozban. Ezek nagyon jó állapotban megőrződtek az elmúlt több mint 150 év alatt. A gyűjteménynek jelentős dokumentum- és tudományos értéke van, ugyanis a Hunyad megyei Nagyág 150 évvel ezelőtti lepkefaunáját mutatja be. A gyűjteményben található anyag alapján újabb fajokat is sikerült azonosítani a tudomány számára, amelyeket utólagosan érvénytelenítettek.
- Egyetemtörténeti Múzeum
- Ásványtani Múzeum
- Ásványtani Múzeum / Drágakőgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Elsőként Romániában felfedezett ásványok gyűjteménye
- Ásványtani Múzeum / Erdélyi-középhegységből származó zeolitok
- Ásványtani Múzeum / Ikerkristály-gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Kristálytani kiállítás
- Ásványtani Múzeum / Meteoritgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Regionális ásványgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Rendszertani gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Romániai barlangokból származó ásványok gyűjteménye
- Ásványtani Múzeum / Romániai drágakőgyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Termésarany gyűjtemény
- Ásványtani Múzeum / Tudományos vizsgálati eszközök
- Növénytani Múzeum
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Erdélyi-medencére vonatkozó rétegtani gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Nyílt-színi gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Típusgyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Általános rétegtani gyűjtemény
- Őslénytani és Rétegtani Múzeum / Őslénytani taxonómiai gyűjtemény
- Állattani Múzeum
- Vivárium
- David Prodan Emlékmúzeum
- Észak-erdélyi Holokauszt Dokumentációs Múzeuma