A BBTE néhány múzeumának kezdete egészen a XIX. század második feléig vezethető vissza. Az Állattani Múzeumot 1859-ben alapították az Erdélyi Múzeum-Egyesület egyik részlegeként, de a Növénytani Múzeum anyaga is az Erdélyi Múzeum-Egyesület 1859-ben létrehozott botanikai gyűjteményén alapszik, és az Ásványtani Múzeum is Akadémiai gyűjteményként 1919-ben jött létre a Ferenc József Tudományegyetemen működött Ásványtani Intézet anyagának részleges átvételével.
Fejlődésük akkor kap valódi lendületet, amikor a kolozsvári felsőoktatási intézmények kutatási és oktatási tevékenységének támogatása céljából kezdeményezik a múzeumi gyűjtemények létrehozását. A Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetem 1872-es létrehozása jelentett hasonló ösztönzést a különféle gyűjtemények rendszerezésének és gazdagításának irányába, az akkori idők neves személyiségeinek támogatásával.
Az örökölt anyagok bizonyos része átkerült az 1919-ben létrejött akadémiai gyűjteményekhez, amikor az I. világháború után Kolozsváron megalakult a Felső-Dacia Egyetem, amely később hivatalosan felvette I. Ferdinánd király nevét, így 1927 és 1948 között a kolozsvári egyetemet I. Ferdinánd Király Tudományegyetemnek nevezik.
A múzeumok és a tanszékek közötti folyamatos együttműködés felbecsülhetetlen forrást eredményezett, nem csak jelentős tudományos értékű kiállítható tárgyakat, hanem ezeket kísérő dokumentumértékű, részletes leírásokat is. Ebben az időszakban egyes múzeumi intézmények, mint például az Ásványtani Múzeum, kizárólag oktatási céllal működtek, és a nagyközönség számára nem voltak hozzáférhetőek.
A 2000-es évek elején, az Egyetemtörténeti Múzeum és a Vivárium megnyitása során nyilvánvalóvá vált annak a ténynek a fontossága és kulturális, oktatási hasznossága, hogy látogatási lehetőséget kell biztosítani valamennyi érdeklődő számára. Sőt, a BBTE múzeumaiban az idők folyamán híres hazai és külföldi személyiségek is megfordultak. Az Egyetemtörténeti Múzeum számtalan látogatója közül megemlíthetjük I. Mihály román királyt, Jean-Marie Lehn Nobel-díjas kémikust, Zenon Grocholewski lengyel bíborost, aki a római Pápai Gergely Egyetem nagykancellárja volt 2015-ig, Bronislaw Geremek lengyel történészt.
A továbbiakban a BBTE múzeumok történetének néhány jelentős pillanatát mutatjuk be:
- 1859: Megalakul az Erdélyi Múzeum-Egyesület, az erdélyi tudományos és irodalmi élet fellendítésére, és ehhez az intézményhez kapcsolódnak az Ásványtani Múzeumba, az Állattani Múzeumba és a Növénytani Múzeumba később bekerült legelső gyűjtemények.
- 1872. szeptember–október: a magyar parlament szeptember 17-én elfogadja A kolozsvári Magyar Királyi Tudományegyetem felállításáról és ideiglenes szervezéséről szóló XIX. törvényt, amelyet I. Ferenc József magyar király október 12-én szentesít. Négy különálló kar létesül: Jog- és Államtudományi Kar, Orvosi Kar, Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Kar, Matematikai és Természettudományi Kar. Az egyetem 1881. január 14-én kapja a Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetem nevet. A Természettudományi Karon két tanszék jön létre: az Ásványtani Tanszék és a Földtani Tanszék. Budapestről Koch Antal (1843–1927) egyetemi tanárt hívják meg, hogy az Ásványtani és Földtani Tanszéken a földtan professzora legyen1, ugyanakkor kinevezik a Földtani Intézet vezetőjévé. A geológus, petrográfus, mineralógus és paleontológus Koch Antal a Magyar Tudományos Akadémia rendes tagja, Szaktudományának azon utolsó képviselői közé tartozott, akik a földtudomány valamennyi területén – a réteg-, kőzet-, ásvány- és őslénytanban, valamint a hidrológiában – egyaránt jelentős eredményeket értek el. Több mint 300 tudományos munkát közölt2, és lényegesen gazdagította az Ásványtani Gyűjteményt és az Őslénytani Gyűjteményt. Ugyanakkor megalapozta az Ásványtani és Földtani Múzeumot. Szádeczky Gyula professzor, aki 1896-ban lett az Ásványtani Tanszék vezetője, szintén jelentős mértékben járult hozzá az Ásványtani Gyűjtemény gyarapításához.
- 1900: az Ásványtani Gyűjtemény kiállított darabjainak egy részét átköltöztetik az egyetem újonnan megépült Farkas utcai főépületébe.
- 1912: Ebben az évben elkészül az Alsó-Szén (Clinicilor, Mikó) utca 5–7. szám alatti épület, amely jelenleg otthont ad az Állattani Múzeumnak (földszint) és a Viváriumnak (alagsor). Az építészeti tervek azonosak a nápolyi Állattani Intézet terveivel.
- 1919: az I. világháború után Kolozsváron megalakul a román tannyelvű Felső-Dacia Egyetem, amely később hivatalosan felvette I. Ferdinánd király nevét. Az Ásványtani Múzeum, az Őslénytani és Rétegtani Múzeum és a Növénytani Múzeum szintén ebben az évben jön létre akadémiai gyűjteményként, az egyes tanszékek tevékenységéhez kapcsolódva. Az Ásványtani-Petrográfiai Tanszéket és Intézetet Gh. Munteanu-Murgoci tudós szervezi meg, majd őt követi Victor Stanciu kolozsvári professzor. Eugen Stoicovici és Valeriu Lucca professzorok szintén hozzájárulnak az ásványtani gyűjtemény rendszerezéséhez. Meg kell említenünk a továbbiakban Alexandru Borza és Emil Racoviţă biológusprofesszorok hozzájárulását is, ez utóbbi volt az 1920-ban létrehozott román általános biológiai tanszék első címzetes oktatója.
- 1935: Átadják a jelenleg Alexandru Borza nevét viselő botanikus kert Növénytani Intézetének épületét, amelynek földszintjén található a Növénytani Múzeum.
- 1960: Az Őslénytani és Rétegtani Múzeum tevékenységét kurátorok vagy kutatók kezdik irányítani, ugyanis korábban ezt a feladatot a tanszékvezetők látták el: Koch Antal (1872–1895), Szádeczky Gyula (1896), I. P. Voiteşti (1919–1936), Victor Stanciu (1937), Otto Protescu (1938–1946), Dumitru Iacob (1946–1957), vagy Ion Al. Maxim (1957–1960).
- 1965: Meghirdetik a geológus-muzeográfusi állást az Ásványtani Múzeumnál. A kezdeti időszakban nem volt szakképzett muzeográfus személyzet, az „Ásvány- és kőzettani didaktikai gyűjtemény” tevékenységeivel kapcsolatos feladatokat legtöbbször a pályájuk kezdetén álló egyetemi oktatók látták el, viszonylag rövid ideig. Közülük megemlíthetjük Veturia Lucca (1924–1925) preparátor-múzeumőrt, valamint Gheorghe Pop (1940–1941) és Vasile Crăciun (1941–1943) múzeumi preparátorokat.
- 1975: Az Ásványtani Múzeum geológus-muzeográfusi állását csak muzeográfusi állássá alakítják. Ezt követően a korábbi oktatói gyűjtemények rendszeres leltárazási és újjászervezési munkálatai kezdődnek el, és a gyűjteményeket valódi múzeumi térben állítják ki. Ebben volt jelentős szerepe Iulia Ţârlea-Hoţiunak egészen 1989-ig.
- 1998: Megkezdődik a Vivárium építése a Babeş–Bolyai Tudományegyetem és a Biológia és Geológiai Kar pénzügyi forrásainak felhasználásával.
- 2001. április: A Babeș–Bolyai Tudományegyetem Rektori Hivatalának kezdeményezésére létrejön az Egyetemtörténeti Múzeum, amely egészen 2007 márciusáig az I.C. Brătianu (Király) utca 22. szám alatt, az Európai Tanulmányok Kar épületében működik két teremben, majd állandó kiállítással öt teremben.
- 2001: Megnyílik a Vivárium, amely kezdetben csak egy hüllő- és egy kétéltű-gyűjteménynek ad otthont az őshonos állatvilágból.
- 2002: Az Egyetemtörténeti Múzeum elkezdi szervezni időszakos kiállításait különféle egyetem- és tudománytörténeti témában. A legelső sikeres megvalósítások egyike a „200 éve született Bolyai János” című kiállítás volt. Hasonló jellegű kiállítások: „10 év adományozás és tárgybeszerzés a BBTE Egyetemtörténeti Múzeumában” (2011), „140 éves a kolozsvári magyar nyelvű egyetemi oktatás” (2012), „Marya Kasterska – Petre Sergescu: lengyel-román értelmiségi interferenciák” (2013).
- 2002: A Babeș–Bolyai Tudományegyetem Rektori Hivatalának kezdeményezésére megnyílik a nagyközönség előtt is az Ásványtani Múzeum kapuja.
- 2007: Az Egyetemtörténeti Múzeum átköltözik a Babeș–Bolyai Tudományegyetem főépületének közelébe, azaz a Farkas utca 4. szám alatti ingatlan földszintjére. Székhelye most is itt található.
- 2008: Az Egyetemtörténeti Múzeum legelső alkalommal kapcsolódik be a Múzeumok Éjszakája európai szintű eseménysorozatba.
1. Cadar (Morărescu) Gabriela (2011) - Evoluţia cunoaşterii geologice reflectată în publicistica specifică din secolele XVIII şi XIX privitoare la aria intracarpatică a României. (Doktori dolgozat kivonata)
2. Koch Antal (Wanek Ferenc) In: Kovács Kiss Gyöngy (szerk.): Hivatás és tudomány: az Erdélyi Múzeum-Egyesület kiemelkedő személyiségei. Erdélyi Múzeum-Egyesület, Kolozsvár, 2009. 283–341.