Este cea mai veche colecție de lepidoptere din România, primul catalog publicându-se în anul 1850. Colecţia cuprinde 951 de specii şi un număr total de 1604 de exemplare, plasate în 17 cutii entomologice. Aceasta s-a păstrat foarte bine în cei peste 150 de ani de existență. Colecția are o deosebită valoare documentară și științifică, reflectând fauna de lepidoptere din zona Săcărâmb în urmă cu 150 de ani. Pe baza materialului din colecție au fost descrise și specii noi pentru știință, invalidate ulterior.
- Muzeul de Istorie al Universității
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecţia de documente academice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de cărţi poştale
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de instrumente științifice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de medalii, sigilii și insigne
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecții
- Muzeul de Mineralogie
- Muzeu de Mineralogie / Colecții
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de aur nativ
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de macle
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de meteoriţi
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de minerale descoperite pentru prima dată din ocurenţe din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia regională de minerale din România
- Muzeul de Mineralogie / Expoziţia cristalografică
- Muzeul de Mineralogie / Instrumente ştiinţifice istorice
- Muzeul de Mineralogie / Minerale din peşteri din România
- Muzeul de Mineralogie / Zeoliţi din Munţii Apuseni
- Muzeul Botanic
- Muzeul de Paleontologie și Stratigrafie
- Muzeul Zoologic
- Vivariul
- Muzeul Memorial David Prodan
- Muzeul Holocaustului