Cele peste 200 de specii fosile (plante și animale) sunt reprezentate de gastropode (nerinee) şi cefalopode (amoniţi) mezozoice, ce au trăit în urmă cu 200 milioane de ani, sau de fauna terţiară şi cuaternară (echinide, briozoare), care au fost descrise pentru prima dată pentru ştiinţă din Bazinul Transilvaniei. Colecţia de tipuri cuprinde şi cel mai vechi rinocerid din lume cunoscut până în prezent (Prohyracodon orientale), descoperit de Prof. Koch Antal în 1897 în depozitele eocene de la Rădaia.
- Muzeul de Istorie al Universității
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecţia de documente academice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de cărţi poştale
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de instrumente științifice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de medalii, sigilii și insigne
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecții
- Muzeul de Mineralogie
- Muzeu de Mineralogie / Colecții
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de aur nativ
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de macle
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de meteoriţi
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de minerale descoperite pentru prima dată din ocurenţe din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia regională de minerale din România
- Muzeul de Mineralogie / Expoziţia cristalografică
- Muzeul de Mineralogie / Instrumente ştiinţifice istorice
- Muzeul de Mineralogie / Minerale din peşteri din România
- Muzeul de Mineralogie / Zeoliţi din Munţii Apuseni
- Muzeul Botanic
- Muzeul de Paleontologie și Stratigrafie
- Muzeul Zoologic
- Vivariul
- Muzeul Memorial David Prodan
- Muzeul Holocaustului