Colecţia de geme din România cuprinde 3.500 de pietre fine, din care peste 1200 expuse pe panouri tematice (regional şi compoziţional). Ea a fost alcătuită în anul 1987 pe baza materialului colectat în decursul deceniilor de activitate de membrii Departamentului de Mineralogie al Universitatea Babeş-Bolyai. Constă din minerale şi roci din peste 90 de ocurenţe din ţară, care pot fi folosite la confecţionarea podoabelor sau a unor obiecte decorative. Predomină varietăţile de cuarţ şi opal, dar sunt prezente şi alte minerale sau chiar roci comune, mai rar utilizate în scopuri gemologice.
La acestea se adaugă colecţia de "Geme şi roci ornamentale din Transilvania prezentate la Expozitia Mondială, Paris 1900", alcătuită din 35 de fragmente lustruite de calcare şi marmure, plăci lustruite şi fragmente polisate de calcit cu aspect aragonitic şi aragonit de la Corund, județul Harghita, ca şi din diverse varietăţi de calcedonie şi opal (39 eşantioane lustruite).
