Colecția este în întregime expusă în vitrina originală din secolul al XIX-lea, constituind unul dintre principalele puncte de atracţie ale muzeului. Se poate admira o mare varietate de minerale naturale folosite la confecţionarea podoabelor, alături de câteva produse sintetice (sticlă, spinel sintetic etc.) şi substanțe organice (coral, perle). Dintre pietrele preţioase sunt prezente diamantul, safire şi rubine (din India, Sri Lanka, SUA), smaralde (Brazilia); pietrele fine sunt reprezentate în special de granaţi, turmalină, varietăţi de cuarţ (ametist, citrin, cristal de stâncă, agat, etc.) şi opal (nobil, de foc), spineli, turcoază, etc.
- Muzeul de Istorie al Universității
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecţia de documente academice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de cărţi poştale
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de instrumente științifice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de medalii, sigilii și insigne
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecții
- Muzeul de Mineralogie
- Muzeu de Mineralogie / Colecții
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de aur nativ
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de macle
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de meteoriţi
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de minerale descoperite pentru prima dată din ocurenţe din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia regională de minerale din România
- Muzeul de Mineralogie / Expoziţia cristalografică
- Muzeul de Mineralogie / Instrumente ştiinţifice istorice
- Muzeul de Mineralogie / Minerale din peşteri din România
- Muzeul de Mineralogie / Zeoliţi din Munţii Apuseni
- Muzeul Botanic
- Muzeul de Paleontologie și Stratigrafie
- Muzeul Zoologic
- Vivariul
- Muzeul Memorial David Prodan
- Muzeul Holocaustului