Această colecție s-a constituit cu ajutorul Facultăţilor de ştiinţe aplicate din cadrul Universităţii Babeş-Bolyai (Fizică, Chimie şi Inginerie chimică, Biologie şi Geologie, Geografie), care au oferit Muzeului de Istorie al Universităţii, în custodie, o serie de aparate și instrumente pe care le-au folosit în activitățile lor didactice și de cercetare. Ea conţine microscoape, spectrografe, tuburi de descărcări în gaze, aparate de proiecţie, etc., datând de la finalul secolului al XIX-lea şi până la jumătatea secolului XX.
- Muzeul de Istorie al Universității
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecţia de documente academice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de cărţi poştale
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de instrumente științifice
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecția de medalii, sigilii și insigne
- Muzeul de Istorie al Universității / Colecții
- Muzeul de Mineralogie
- Muzeu de Mineralogie / Colecții
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de aur nativ
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de geme din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de macle
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de meteoriţi
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia de minerale descoperite pentru prima dată din ocurenţe din România
- Muzeul de Mineralogie / Colecţia regională de minerale din România
- Muzeul de Mineralogie / Expoziţia cristalografică
- Muzeul de Mineralogie / Instrumente ştiinţifice istorice
- Muzeul de Mineralogie / Minerale din peşteri din România
- Muzeul de Mineralogie / Zeoliţi din Munţii Apuseni
- Muzeul Botanic
- Muzeul de Paleontologie și Stratigrafie
- Muzeul Zoologic
- Vivariul
- Muzeul Memorial David Prodan
- Muzeul Holocaustului